查看原文
其他

诺贝尔奖“新秀”背后:RNA研究的浪潮何以席卷多年?

共赴多组学的 华大科技BGITech
2024-11-12

瑞典卡罗琳医学院于10月7日宣布,将2024年诺贝尔生理学或医学奖授予科学家Victor Ambros(维克托·安布罗斯)和 Gary Ruvkun(加里·鲁夫昆),以表彰他们 “发现微小RNA(microRNA)及其在后转录基因调控中发挥的作用”。他们的发现为我们理解基因调控机制提供了全新的视角,获奖可谓是实至名归。


Victor Ambros(维克托 · 安布罗斯)和 Gary Ruvkun(加里 · 鲁夫昆)共同获得2024年诺贝尔生理学或医学奖。

图片来源:诺贝尔奖官网



热知识:

这已经是RNA分子研究领域的第四个诺贝尔奖。


2006年诺贝尔生理学或医学奖——RNA干扰(RNAi)机制

2020年诺贝尔化学奖——CRISPR-Cas9基因编辑技术

2023年诺贝尔生理学或医学奖——核苷碱基修饰方面研究使得COVID-19 mRNA疫苗得以开发

2024年诺贝尔生理学或医学奖——发现microRNA及其在后转录基因调控中发挥的作用


RNA研究的浪潮正以不可阻挡之势席卷整个生命科学领域。



microRNA——新型基因调控分子


microRNA(miRNA)是一类由内源基因编码的19-25个核苷酸长的非编码单链RNA分子,在动植物中参与调控基因的转录后表达,第一个miRNA自1993年在突变秀丽隐杆线虫中被发现[1-2],然而,miRNA的一般调控功能直到2001年才被充分认识。目前,已经在不同物种中鉴定出数千种miRNA,其生物合成途径如下[3]


1) 转录:miRNA基因在细胞核内首先被RNA聚合酶II(Pol II)转录成初级miRNA(pri-miRNA),这是一段较长的RNA分子。


2) 切割:pri-miRNA随后被“微处理器”复合体(包含DROSHA和DiGeorge综合征关键区域8蛋白,DGCR8)切割,产生大约60-70个核苷酸的发夹结构前体miRNA(pre-miRNA)。


3) 转运:pre-miRNA由exportin 5(XPO5)从核内运输到细胞质中。


4) 成熟:在细胞质中,pre-miRNA被DICER酶进一步加工,产生成熟的miRNA。


5) 功能:成熟的miRNA中的一条链(引导链)被加载到miRNA诱导的沉默复合体(miRISC)中,该复合体包含DICER1和Argonaute(AGO)蛋白。miRISC通过序列互补结合靶向mRNA,并在处理体(P-bodies)中通过靶向mRNA的降解和翻译抑制来介导基因抑制。


miRNA的这一生物合成途径在动植物中具有保守性,尽管在某些细节上可能存在差异。例如,在植物中,miRNA的生物合成也涉及类似的步骤,但可能在特定的调控机制和蛋白质因子方面有所不同[4]


microRNA的合成与作用机制图[4]



microRNA的应用与研究前景


自从miRNA被发现以来,就因其在基因调控中的重要作用而受到广泛关注。miRNA通过影响目标基因的转录后调控和基因沉默等机制,参与了细胞生长、分化、发育和凋亡等一系列关键生物过程。在动物领域的相关研究包括:发育和细胞分化、细胞凋亡、 脂类代谢、激素分泌、内源基因表达调控、疾病发生机制、疾病预测与诊断、肿瘤发生机理、病毒的免疫防御机制等,而在植物领域,miRNA的研究包括:植物胚胎和分生组织发育、叶和花的遗传发育、核酸水平调控、病毒抵抗防御机制等。


miRNA的这些功能和研究应用领域,不仅揭示了其在生物体中的重要角色,也为未来的治疗策略和生物技术应用提供了广阔的前景。

microRNA应用领域



microRNA研究方法与高通量测序


研究miRNA的基本方法通常包括以下步骤:


1) 表型miRNA鉴定:基于高通量测序或已发表的文献,确定与特定表型相关的miRNA;


2) miRNA靶基因预测:利用生物信息学工具,如Targetscan、miRDB或PicTar,预测miRNA的潜在靶基因;或者通过查阅相关文献,筛选出与研究表型相关的miRNA和靶基因,以提高实验的成功率;


3) miRNA实验验证:通过双荧光素酶报告基因的实验验证miRNA与靶基因的靶向关系;


4) 研究miRNA的功能


miRNA研究策略基本思路导图



高通量测序技术(Next Generation Sequencing,NGS)在miRNA的研究中扮演着至关重要的角色,可以帮助科学家深入分析样本中的miRNA,识别并定量已知的miRNA,发现新型有研究潜力的miRNA。通过对原始数据进行质量控制、序列比对、差异表达分析和靶基因预测等,研究人员可以揭示miRNA的生物合成、功能和调控机制,以及它们在各种生物学过程中的作用。



华大科技提供专业的DNBSEQ UMI Small RNA测序服务运用丰富的实践经验和专业知识,提供全方位的技术支持和解决方案,全面助力科学研究!



DNBSEQ UMI Small RNA测序优势



实验技术经验丰富,低起始量成功率高,技术重复性高

累计已完成350多种不同物种的项目,常规RNA样本单次建库只需100 ng,血清血浆RNA样本只需20 ng;小RNA样本实现最低1 ng起始量;低起始量建库成功率达95%。


凝胶电泳富集建库,准确选取目标small RNA更灵活

使用凝胶电泳方法进行small RNA富集建库,准确选取目标小RNA更灵活,去除RNA样品中的大分子,可适用于不同来源的RNA样本,血清、血浆、外泌体等微量样本经验丰富,样品类型多样,满足多角度研究需求。


实验建库引入UMI技术, small RNA定量准确性提升70%

特异性分子标签(UMI)为8-10 nt的短序列,可看做“条形码”,在文库构建的早期阶段连接到cDNA分子中,标记原始样品中的每个分子。用于减少PCR扩增复制引入的定量偏差,有利于获得足够的读数以进行检测。

UMI技术原理图例


Dr. Tom系统交付,多种个性化分析任您选

采用Dr. Tom多组学数据挖掘系统,10大数据库注释,多维度结果图片展示,数据图表循环挖掘。small RNA的检测、定量、差异表达分析、靶基因预测、功能注释,深入了解small RNA在生物体内的表达情况和功能,助您探索small RNA的生物学功能。

小RNA分类注释

 miRNA与靶基因

互作网络图

miRNA靶基因的KEGG通路注释分类统计图

聚类表达热图



更多RNA产品亮点

01

真核转录组测序

可选链特异性文库,提质不加价;

链特异性文库能检测反义链表达,比对率更高,定量更准确,注释、可变剪切和基因融合等结果更可靠;

转录组+蛋白质组学、转录组+代谢组学,多种关联分析,不在话下。

02

全长转录组

华大特有专利技术:多倍通量全长转录组;

超高性价比:相同数据量下获得3-5倍有效reads;

更多转录本:检测转录本数量翻倍;

准确定量:UMI技术辅助准确定量。

03

UMI Small RNA测序

实验建库引入UMI技术,实现small RNA定量准确性提升70%;

实验技术经验丰富,最低1 ng起始建库,技术重复性高;

采用最新miRBase数据库、KEGG数据库。

04

长链非编码RNA测序

技术稳定性超高,同一样本重复建库相关性大于0.993;

性价比高,一次测序可以得到mRNA、lncRNA、circRNA信息;

样本处理经验丰富,已完成万例lncRNA样本。



欲知更多详情,

请联系华大科技当地销售代表↓↓↓

热线电话:400-706-6615

邮箱:info@genomics.cn



参考文献:

[1] Lee RC, Feinbaum RL, Ambros V. The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14. Cell. 1993;75(5):843-854.

[2] Wightman B, Ha I, Ruvkun G. Posttranscriptional regulation of the heterochronic gene lin-14 by lin-4 mediates temporal pattern formation in C. elegans. Cell. 1993;75(5):855-862.

[3] Lin S, Gregory RI. MicroRNA biogenesis pathways in cancer. Nat Rev Cancer. 2015 Jun;15(6):321-33.

[4] Ha M, Kim VN. Regulation of microRNA biogenesis. Nat Rev Mol Cell Biol. 2014 Aug;15(8):509-24. 



供稿:向琴、胡瑶

编辑:市场部



近期热文

🔍点击图片即可阅读

继续滑动看下一个
华大科技BGITech
向上滑动看下一个

您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存